Während andere Beiträge Alexander von Humboldts zu den Naturwissenschaften weit bekannt sind, so ist er doch auch einer der Begründer der modernen Meeresforschung.
Er hat als erster das „Upwelling“-Phänomen wissenschaftlich dokumentiert, das eine Schlüsselkomponente für das Funktionieren von Ökosystemen in Küstennähe darstellt. Im August 1834, auf der Reise von Stettin nach Königsberg, maß Alexander von Humboldt ein starkes Abfallen der Oberflächentemperatur der Ostsee um ca. 10°C in einem bestimmtem Abschnitt der polnischen Küste, nach dessen Verlassen die Temperatur aber dann wieder bei Werten um ca. 20°C lag. Es dauerte mehr als 70 Jahre, bis dieses Phänomen duch Ekmans Theorie der Meeresströmungen (1905) erklärt werden konnte.
Heutzutage werden die Meereswissenschaften in der Ostsee – natürlicherweise interdisziplinär – über nationale Grenzen hinweg betrieben und der Fortschritt in der Forschung beruht auf intensiver Kooperation von Experten aus sehr verschiedenen Gebieten. Die Ostsee ist zu einem Schwerpunkt von Anstrengungen geworden, welche die Gesundheit des Ökosystems und die Konsequenzen des Klimawandels betreffen, und damit globale Herausforderungen für die Ozeane der Welt.